南大東は約4800万年前に海底沈下し、その上にさんご礁が体積。約600年前に隆起してできた世界で十数例しかない隆起珊瑚の島です。 海底にそびえたつ島にそって潮がぶつかることによって深海から豊富なミネラルを含んだ海水がわき上がってきます。
陸上は本土と沖縄の混在した文化ですが、南大東の海も「チャンプルー」な海です。 南海の魚と本土の魚を同時に見ることができます。 群れ全体の固体も大きくまさに魚たちの桃源郷とも呼べる海です。